Вестник МГТУ, 2026, Т. 29, № 3.

УДК 664.38; 543.645.6; 577.112.6 Исследование взаимодействия биологически активных пептидов из сои с молекулами АПФ и ДПП-4 методом молекулярного докинга В. В. Фоменко, Н. А. Большев, Н. Г. Машенцева, И. А. Детинкин*, Д. И. Алексаночкин *Российский биотехнологический университет (РОСБИОТЕХ), г. Москва, Россия; e-mail: detinkin02@gmail.com, ORCID : https://orcid.org/0009-0004-0985-9505 Реферат Методом молекулярного докинга оценена ингибирующая активность двух биологически активных пептидов соевого происхождения (IIVVQGKGAIGF и VIPPGVPYWTYNT) в отношении ангиотензинпревращающего фермента (АПФ) и дипептидилпептидазы-4 (ДПП-4). В качестве эталонов сравнения использованы синтетические препараты каптоприл и ситаглиптин. Трехмерные структуры пептидов предсказаны с помощью веб-сервера PEP-FOLD4, процедура докинга выполнена в программе AutoDock Vina на основе кристаллических структур из базы PDB (коды 1O86 и 1X70). Результаты показали, что оба пептида демонстрируют статистически значимо более высокую аффинность к АПФ (от -9,07 до -10,46 ккал/моль) по сравнению с каптоприлом (-5,40 ккал/моль). В случае ДПП-4 пептид VIPPGVPYWTYNT превзошел ситаглиптин (-8,56 против -7,86 ккал/моль), тогда как IIVVQGKGAIGF уступил референсу по энергии связывания. Анализ межмолекулярных взаимодействий выявил образование множественных связей с ключевыми остатками активных центров, однако лишь часть контактов локализованы непосредственно в каталитической зоне, что указывает на высокую общую аффинность при потенциально меньшей селективности по сравнению с синтетическими аналогами. Полученные in silico данные подтверждают высокий терапевтический потенциал исследуемых пептидов и обосновывают необходимость их химического синтеза и дальнейшей экспериментальной проверки in vitro и in vivo . Фоменко В. В. и др. Исследование взаимодействия биологически активных пептидов из сои с молекулами АПФ и ДПП-4 методом молекулярного докинга. Вестник МГТУ. 2026. Т. 29, № 3. С. 361-376. DOI: https://doi.org/10.21443/1560-9278-2026-29-3-361-376. Study of the interaction of biologically active soy peptides with ACE and DPP-4 molecules using molecular docking Victoria V. Fomenko, Nikolaj A. Bolshev, Natalia G. Mashentseva, Ilya A. Detinkin*, Denis I. Aleksanochkin *Russian Biotechnological University (ROSBIOTECH), Moscow, Russia; e-mail: detinkin02@gmail.com, ORCID : https://orcid.org/0009-0004-0985-9505 Abstract The inhibitory activity of two biologically active peptides of soy origin (IIVVQGKGAIGF and VIPPGVPYWTYNT) against angiotensin converting enzyme (ACE) and dipeptidyl peptidase-4 (DPP-4) has been evaluated by molecular docking. Synthetic drugs captopril and sitagliptin have been used as comparison standards. The three-dimensional structures of the peptides are predicted using the PEP-FOLD4 web server, and the docking procedure is performed in the AutoDock Vina program based on crystal structures from the PDB database (codes 1O86 and 1X70). The results have shown that both peptides demonstrate statistically significantly higher affinity for ACE (from -9.07 to -10.46 kcal/mol) compared with captopril (-5.40 kcal/mol). In the case of DPP-4, the VIPPGVPYWTYNT peptide has surpassed sitagliptin (-8.56 versus -7.86 kcal/mol), while IIVVQGKGAIGF is inferior to the reference in binding energy. The analysis of intermolecular interactions has revealed the formation of multiple bonds with key residues of active sites, however, only a part of the contacts are localized directly in the catalytic zone, which indicates a high overall affinity with potentially lower selectivity compared to synthetic analogues. The data obtained in silico confirm the high therapeutic potential of the studied peptides and substantiate the need for their chemical synthesis and further experimental verification in vitro and in vivo. Fomenko, V. V. et al. 2026. Study of the interaction of biologically active soy peptides with ACE and DPP-4 molecules using molecular docking. Vestnik o fMSTU, 29(3), pp. 361-376. (In Russ.) DOI: https://doi.org/10.21443/1560-9278-2026-29-3-361-376. Article info Received 08.05.2026; received in revised form 05.06.2026; accepted 29.06.2026 Key words: peptides, ACE inhibitors, DPP-4 inhibitors, molecular docking, bioinformatics For citation Информация о статье Поступила в редакцию 08.05.2026; получена после доработки 05.06.2026; принята к публикации 29.06.2026 Ключевые слова: пептиды, ингибиторы АПФ, ингибиторы ДПП-4, молекулярный докинг, биоинформатика Для цитирования