Вестник МГТУ, 2026, Т. 29, № 3.
Взаимодействие ситаглиптина с ДПП-4 При докинге ситаглиптина с рецептором ДПП-4 было обнаружено 20 межмолекулярных взаимодействий: 9 водородных связей, 7 гидрофобных контактов, 3 галогенных контакта (с участием атомов фтора), а также одно электростатическое взаимодействие. Многие выявленные контакты приходятся на аминокислотные остатки активного центра, что подтверждает высокую селективность связывания данного лиганда. В образовании водородных связей участвовали атомы остатков TRP629, HIS740, GLY741, SER630 и TYR547 в диапазоне расстояний 3,30-4,18 А, при этом наиболее прочные контакты (< 3,50 А) зафиксированы с TRP629 (3,30 А), TYR662 (3,31 А) и SER630 (3,34 А). Галогенные взаимодействия обнаружены с атомами ASN710 (2,88 А), HIS740 (3,51 А) и ARG125 (3,42 А). Гидрофобные контакты образованы с остатками TRP629, TYR662 и TYR666 в диапазоне расстояний 3,91-5,23 А. Наибольшее количество связей образовано с остатком TRP629 (5 контактов), входящим в карман S1. Особое значение имеют контакты с каталитической триадой: HIS740 и SER630. Взаимодействие с ARG125 также вносит вклад в стабилизацию лиганда в кармане S2. Визуализация представлена на рис. 5. Рис. 5. Моделирование взаимодействия ДПП-4 и ситаглиптина Fig. 5. Modeling of DPP-4 interaction with sitagliptin Взаимодействие IIVVQGKGAIGF сДПП-4 При связывании лиганда IIVVQGKGAIGF с ДПП-4 выявлено 29 межмолекулярных взаимодействий: 15 водородных связей, 11 гидрофобных контактов, 2 электростатических взаимодействия и 1 комбинированный контакт (водородная связь + электростатическое взаимодействие). Водородные связи образованы с участием атомов остатков GLU738 (2,33 А), SER744 (2,93 А), TYR238 (2,47 А), ALA707 (2,64 А), ASP709 (2,18 А), SER242 (2 контакта, 2,37-2,61 А), GLN123 (2 контакта,
Made with FlippingBook
RkJQdWJsaXNoZXIy MTUzNzYz